吴健雄学院为学生从二年级下学期开始配备专业导师，学生应积极主动，充分利用专业导师的科研平台，在导师及其团队指导下完成科研训练计划。
导师制工作采用项目管理制，项目组成员不超过3人，结合在研项目或其他感兴趣的项目填写项目申报书，获批立项后为院级项目，并给予经费资助，项目验收通过可获得0.3-1.0的课外研学学分。
专业导师制工作期间学生应撰写科研小论文不少于1篇或申请发明专利不少于1项。
专业导师制考核从大三上学期开始，每年4月、10月进行工作考核，考核主要内容为上一学期工作计划的完成情况、已取得的进展和成果以及本学期工作计划等。考核学期将进行集中答辩，参与科研训练的学生，“I”要求完成文献综述或科研小论文1篇，“Ⅱ”要求完成格式规范的科研论文1篇，或作为主要成员申报发明专利1项；企业实习或参加创新创业实践的学生，“I”要求完成需求报告、调研报告等相关文献1篇，“Ⅱ”要求完成格式规范的论文或技术文档1篇，并能提供实习实践成果。
学院根据征询的导师评价及学生汇报确定考核成绩，考核不合格者将取消当年度奖学金和三好生的评选资格。
